Apikal rezeksiyon, diş köklerini ilgilendiren enfeksiyon ve diğer patololojik kaynaklı lezyonların cerrahi olarak alınması işlemidir. Diş çürüğünün uzun bir süre tedavi edilmemesi ya da dişin travmaya maruz kalması sonrasında kök kanalı enfekte olabilir. enfeksiyon diş kökünden çene kemiğine geçerek kök etrafında iltihap oluşmasına neden olabilir. Bu aşamada dişlere kanal tedavisi uygulanmaz ise, enfeksiyon kök ucundan çene kemiğine ve çevre dokulara yayılabilir. Bu bölgede iltihap dokusu gelişebilir ve her zaman kanal tedavisi ile tedavisi mümkün olmayabilir. Ancak bazen kanal tedavisinin başarısız olduğu durumlar söz konusu olabilir; dişin kanalları dar veya eğri olabilir, tekrarlanmış kanal tedavilerine yanıt alınamıyor olabilir veya kök ucundaki enfeksiyon sadece kanal tedavisiyle iyileştirilebilecek küçüklükte olmayabilir. Bu hastalarda dişi çekmemek için dişin kök ucuna cerrahi bir operasyonla ulaşılarak kök ucundaki iltahap veya kist ve diş kökünün bir kısmı çıkartılarak kalan kemik dokusunun sağlıklı kalması sağlanır.
Apikal rezeksiyon lokal anestezi altında yapılır. Diş etinden yapılan kesi yardımıyla diş eti kemik ve apse dokularına ulaşılabilecek şekilde açılır. Direk görüş altında apse ve enfekte dokular temizlenir. Enfekte diş kökünün uç kısmı kesilerek uzaklaştırılır. Kesilen kök ucu özel bir dolgu maddesiyle tıkanır. Bu dolgu sertleştikten sonra enfeksiyon kaynağı olabilecek mikroskopik kanallar tıkanmış olur. Açılan diş eti tekrar kemik üzerine kapatılarak dikilir ve iyileşmeye bırakılır. Dişe ilk kez uygulanan bir apikal rezeksiyon tedavisi % 80-90 başarı oranına sahiptir. Düşük de olsa problemin tekrar nüksetme ihtimali mevcuttur. Bununla birlikte tekrarlanan cerrahi müdahalelerde başarı oranı azalmaktadır.